Illustrator CC v17.1.0 で「スレッドテキスト」を用いて、別のアートボードにあるテキストフレームにリンクしている際、InDesign CS6, CC などでオブジェクトの中央位置が変わってしまう現象を確認しました。

シチュエーションが揃えば確実に出るようです。

 まず、イラレで複数のアートボードを設定し、それぞれのアートボードにリンクしたテキストフレームを作成してファイル保存します。

 作成したデータをInDesignで配置しようとすると、プレビューにおいて、オブジェクトのサイズが実際よりも大きく認識されてしまいます。

 配置したイラレのデータを中央揃えにしようとしても…

 このように、中央位置がずれてしまいます。

いまのところ、テキストボックスのリンクを解除するくらいしか、有効な回避法は無いようです。