Adobe Illustrator CS6 のレイヤーパレットには、バグが１つ潜んでいます。

レイヤーパネルオプションで「レイヤーのみを表示」を選択していると、パレット上でオブジェクトのレイヤー間移動が、ドラッグできなくなります。ムービーで見て頂いたほうがわかりやすいと思います。

「レイヤーのみを表示」にしていないと、なにかの拍子に、オブジェクトの階層構造がパレット上に展開されてしまいます。これのせいで、ギリギリまで CS3 を使っていました

このバグは、Illustrator CC で改善されています。